Boken Galileis gåta handlar om hur Anna och Johan, två ungdomar som under en resa till Florens blir vittnen till hur en man störtar ner från tornet Pisa och avlider. De misstänker att mannen blivit mördad och engagerar sig i lösningen av fallet. De börjar själva engagera sig i frågan och söker på egen hand efterforska vem mannen var som störtat ner från tornet och om det är fråga om ett mord. De misstänker snart att det handlar om ett mord som har rötter långt tillbaka i tiden, till kampen mellan förespråkare och motståndare av uppfattningen om att jorden är rund. Den senare uppfattningen stöddes av vetenskapsmän och filosofer som utifrån forskning och experiment kommit fram till att jorden är rund. Motståndare till denna uppfattning var kyrkan, kungar och andra mäktiga män, som var rädda för att denna nya världsbild skulle skapa oro i samhället och misstro mot överhetens dominans. Makthavarna i samhället förbjöd vetenskapsmän, författare filosofer och andra förespråkare av den heliocentriska världsbilden att publicera sina verk, andra fängslades på obestämd tid eller avrättades. Anna och Johan upptäckte också att en överlevande sekt fortfarande existerade i hemlighet och verkade för att erövra världen och genom krig ta över makten över vår jord. Det blir en kamp för Anna och Johan att kämpa för demokrati och frihet.