I oktober 1943 lykkedes det over 7.000 danske jøder at flygte til Sverige. Det skete takket være en bred folkelig organisering, der er enestående i Hitlers Europa, hvor fem mio. jøder, blev myrdet af nazisterne og deres forbundsfæller. Den lykkelige flugt er blevet kaldt Miraklet ved Øresund. Men ´miraklet´ lader sig forklare. Holocaust i Danmark fokuserer på den rigsbefuldmægtigede, SS-generalen Werner Bests motiver til at udløse aktionen og senere til at sabotere den. Den gengiver den tyske diplomat G.F. Duckwitz´ dagbog fra de afgørende uger, hvor han lækkede tidspunktet for den forestående aktion til den danske side. Andre temaer er de danske myndigheders desperate plan om at internere jøderne i Danmark for at undgå, at de blev deporteret til Polen, den afgørende hjælp fra Sverige, der åbnede sine grænser for flygtningene; og det diplomatiske spil for at redde de 500 jøder, der blev fanget og sendt til Theresienstadt i Böhmen. Der afrundes med beretningen om Udenrigsministeriets